贝加尔湖湖水澄澈清冽，且稳定透明（透明度达40.8m），为世界第二。其总蓄水量23600立方千米，两侧还有1000～2000米的悬崖峭壁包围着。贝加尔湖水长636千米，平均宽48千米，宽79.4千米，面积5.57万平方千米，平均深度744米，深点1680米，湖面海拔456米。

湖水注入安加拉河的地方，宽约1000米以上，白浪滔天。贝加尔湖构造罅隙四周围绕着山脉，这些山脉高度达到2500多米。贝加尔湖水的湖底沉积物厚度超过了8千米。这就是为何贝加尔湖罅隙的实际深度为10～11千米。此深度可以与世界海洋深处的马里亚纳海沟相媲美。

贝加尔湖水的特点是形成时间久远，且湖盆深邃。就贝加尔湖而言，它深度1400多米，面积为第八大湖，蓄水量达到世界液态淡水总量15%。难得的是，贝加尔湖透明度，达到42米，据世界第二位。我国科学家曾实地考察过此湖泊，认为湖水的水质达到一类水标准，是理想饮用水。

在冬季，湖水冻结至1米以上的深度，历时4-5个月。但是，湖内深处的温度一直保持不变，约3.5摄氏度。贝加尔湖有各种各样的植物和动物，其中四分之三是世界其他地方寻觅不到的，湖里有255种虾，包括有些颜色淡得近乎白色的虾。另外，还有两种完全是透明的贝尔鱼。